Nach einigen Jahren entschieden sich der Gemeinderat und Bremsteller, zu versuchen, eine kleinere Orgel in der Nähe des Hohen Chores zu bauen, die in einem gewissen Maße die Funktionen sowohl der Westorgel als auch der Chororgel erfüllen und durch die Gemeinde selbst finanzierbar sein sollte. Der Auftrag wurde an die Firma Schuke vergeben und nach einer Wartezeit von fast einem Jahrzehnt wurde die Orgel endlich 1970 errichtet. Sie steht auf dem Sims eines Ganges über der "Paradiespforte", tief in das nördliche Querschiff zurückstehend. Die schöne Orgel ist gerade eben in der Lage, das Querschiff und die Vierung klanglich zu beherrschen. Da aber der Liturgie-Altar, der für den Gemeindegottesdienst benutzt wird,  westlich der Vierung steht und der Lettner östlich davon, ist dies ein "toter" Bereich des Domes, in dem sich während des Gottesdienstes, ob im Hauptschiff oder Hohen Chor,  niemand aufhält. Die Orgel kann in den restlichen Teilen des Gebäudes nur sehr verschwommen wahrgenommen werden. Das Gehäuse, sehr grob aus gebeizter Fichte gezimmert, wurde von dem Architekten Fritz Leweke aus Halle entworfen.

Die Orgel bleibt auch nach Vollendung der neuen Westorgel 2008 im Dom bestehen. Sie wird weiterhin gepflegt und zu Amtshandlungen, Andachten und kleinere Gottesdienste im Hohen Chor bespielt, sowie auch konzertant eingesetzt. Eine Neuanfertigung des Gehäuses in besserer tischlerischen Ausführung ist angedacht, sowie der Ersatz der gefährdeten Prospektpfeifen durch welche in stabilerer Zinnlegierung. Die Qualitäten dieser Orgel bleiben unbestritten; bei einer Reinigung 2010, fällig, nachdem archaeologische Grabungen im Dom die Orgel arg verschmutzt hatten, konnte die Versuche von 1994, die Orgel erheblich mehr Kraft zu geben, rückgängig gemacht werden. Sie wurde dann auch in einer ungleichschwebenden Temperatur (modifizierter Bach-Lehmann, welche gelegt wurden konnte ohne Abschneiden oder Anlängen von Pfeifen) neu gestimmt. Ein Ersatz der wenig grundtönigen Zungenstimmen (Giesecke) durch welche im Schnitgerschen Stil würde die Eignung des Instruments für die Musik des Norddeutschen Barocks erhöhen, gleichzeitig aber sie weiter von ihrer ursprünglichen Charakter entfernen.

Als Barry Jordan 1994 Domorganist wurde und die Orgelmusik liturgisch so wie konzertant am Dom wieder etwas mehr ins Mittelfeld rückte, wurde es deutlich, daß eine neue Orgel auf der Westempore nicht nur wünschenswert, sondern notwendig war. Schließlich war und ist der Dom nicht nur die Pfarrkirche einer kleinen aber lebendigen Gemeinde, sondern auch ein Touristenmagnet und ein wichtiges Kulturzentrum. Es wurde bald klar, daß die kleine und arme Kirchengemeinde bei den finanziellen Dimensionen des Neubau-Projektes völlig überfordert sein  würde.

Aus diesen Gründen gründeten einige Verbündete zum Zweck der Förderung des Neubaus unter dem Namen "Aktion neue Domorgeln Magdeburg" einen eingetragenen Verein. Nach Überwindung einiger bürokratischen Hürden gelang es schließlich 1998, die Steuerbegünstigung zu erlangen und die Arbeit richtig aufzunehmen. Am Ende wurde dieser Verein nicht nur Unterstützer sondern auch Auftraggeber bei dem Bau von zwei neuen Orgeln.

Der Plan sah eine große sinfonische Orgel für den Dom vor. Das Instrument sollte dennoch nicht ausschliesslich dem französischen Stil verpflichtet sein, sondern für Einflüsse aus anderen romantischen Orgelbautraditionen offen sein.

Dank großzügiger Unterstützung aus der öffentlichen Hand, vor allem die Übernahme der Hälfte der vorgesehenen Gesamtsumme von damals 3,8 Millionen DM durch das Europäischen Union im Rahmen einer Maßnahme des Europäischen Fonds für regionalen Entwicklung, einer sehr großzügige Zuwendung von Lotto-Toto und einer von der Stadt Magdeburg sowie dem großen Einsatz der Volksbank Magdeburg, konnte 2002 eine Ausschreibung des Projektes durchgeführt und einen Auftrag vergeben werden. 2003 wurde Vertrag mit der Firma Alexander Schuke Orgelbau Potsdam (jetzt Werder an der Havel) unterschrieben.

Die Orgel verfügt über 92 Register auf Manuale und Pedal; die Disposition finden Sie hier. Ihre einfache aber majestätische Erscheinung hat, wie ihr breiter und warme Klange auch, seit ihrer Einweihung am 18. Mai 2008, viel Zustimmung gefunden; kaum ein Tourist, der die Orgel nicht fotographiert. Auch Gastorganisten haben die Qualitäten des Instrumentes gelobt. Neben Barry Jordan haben auch etliche andere Organisten die Orgel für Einspielungen ausgesucht.

Die Traktur der Orgel ist im Wesentlichen mechanisch. Erleichterung in der Spielart wird durch Kowalyshyn Maschinen im Hauptwerk und Positiv erreicht; alle Normalkoppeln laufen hier durch. Oktavkoppeln und zwei Pedalkoppeln sind elektrisch; einige Hochdruckregister oder windhungrige Bässe stehen auf elektrischen Zusatzladen. Die Disposition wurde auf der Grundlage eines Vorschlages von Barry Jordan erarbeitet von ihm, Matthias Schuke, Hans Scheffler und die anderen Mitglieder des Fachbeirates, Prof. Reinhard Menger, Prof Reiner Schuhenn, Silvius von Kessel und Christoph Schulz. Mensurierung war von der Schuke-Team ausgearbeitet; Chefintonateur war Hartmut Rönnecke.

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Die Vorbereitungen für den Bau einer neuen Orgel im Remter, Hauptgottesdienststätte der Domgemeinde im Winterhalbjahr, begannen bald nach der Fertigstellung der großen Orgel. Zunächst galt es, eine Genehmigung für den geplanten Standort, in dem südlicheren der zwei Durchgangsbögen zwischen Remter und Marienkapelle, zu erhalten; die denkmalgeschützte Schuke-Orgel am Nordwand des Raumes wurde im Rahmen einer Generalsanierung des Raumes abgetragen, so dass der Weg für einen Neubau frei war.

Die Firma Glatter-Götz Orgelbau, die sich einen Namen gemacht hat durch ihre anregende Gestaltung, wurde gebeten, einen Entwurf vorzubereiten, der zur Auslotung der Möglichkeiten des etwas beengten Standortes dienen sollte. Der Vergabe des Bauauftrages an die Firma war nicht notwendigerweise damit verbunden. Der Architekt Graham Tristram (Edinburgh) präsentierte einen Entwurf, der am Ende auch realisiert wurde, nicht aber ohne Widerstand.

Nachdem die Finanzierung gesichert wurde, erneut durch viele private Spenden aber auch maßgeblich durch Mitteln des Konjunktur-programms II der Bundesrepublik Deutschland, wurde das Projekt ausgeschrieben. Vier Orgelbauer wurden eingeladen im Rahmen einer geschlossenen Ausschreibung Angebote abzugeben, wovon drei sich am Ende beteiligten. Glatter-Götz Orgelbau, der das günstigste Angebot abgab, bekam in Gemeinschaft mit Rosales Organ Services (Los Angeles) den Zuschlag. Die Disposition entwarfen Barry Jordan, Manuel Rosales und Kevin Erly Gilchrist.

Werkstattarbeiten begann in den Werkstätten von Glatter-Götz in Pfullendorf/Aach-Linz (Kreis Sigmaringen) im Frühjahr 2011 und die Montage im August. Die Orgel wurde am 8. Oktober 2011 eingeweiht. Manuel Rosales besorgte die Intonation, die er in zwei weiteren Besuchen im Dezember und erneut im Februar 2012 vollendete.

Diese Orgel besticht durch ihre enorme klangliche Vielseitigkeit bei überschaubare Größe. Sie erlaubt ein ungemein delikates Spiel durch die Lieblichkeit der Intonation und ihre feine Traktur; der Klang ist durchhörbar und klar in polyphonen Strukturen, auch in einem Pleno, das durchaus kräftig ist. Bedingt durch ihren Standort hat die Orgel zwei Fassaden, eine vorne auf der Remterseite, wo auch der Spieltisch sich befindet, die andere auf der Marienkapellenseite. Das Hinterwerk ist als Doppelschwellwerk konzipiert; das Geigenprincipal steht nicht schwellbar im Prospekt der “Kapellenorgel”, während die übrigen Register dieses Werkes wahlweise in die Kapelle hinein oder in den Remter mittels zwei Schwelltritte klanglich gelenkt werden können. Diese Anlage ermöglicht auch eine Palette von reizvollen Effekten, da die akustische Eigenschaften der Räume äußerst verschieden sind.