Nach einigen Jahren entschieden sich der Gemeinderat und Bremsteller, zu versuchen, eine kleinere Orgel in der Nähe des Hohen Chores zu bauen, die in einem gewissen Maße die Funktionen sowohl der Westorgel als auch der Chororgel erfüllen und durch die Gemeinde selbst finanzierbar sein sollte. Der Auftrag wurde an die Firma Schuke vergeben und nach einer Wartezeit von fast einem Jahrzehnt wurde die Orgel endlich 1970 errichtet. Sie steht auf dem Sims eines Ganges über der "Paradiespforte", tief in das nördliche Querschiff zurückstehend. Die schöne Orgel ist gerade eben in der Lage, das Querschiff und die Vierung klanglich zu beherrschen. Da aber der Liturgie-Altar, der für den Gemeindegottesdienst benutzt wird,  westlich der Vierung steht und der Lettner östlich davon, ist dies ein "toter" Bereich des Domes, in dem sich während des Gottesdienstes, ob im Hauptschiff oder Hohen Chor,  niemand aufhält. Die Orgel kann in den restlichen Teilen des Gebäudes nur sehr verschwommen wahrgenommen werden. Das Gehäuse, sehr grob aus gebeizter Fichte gezimmert, wurde von dem Architekten Fritz Leweke aus Halle entworfen.

Die Orgel bleibt auch nach Vollendung der neuen Westorgel 2008 im Dom bestehen. Sie wird weiterhin gepflegt und zu Amtshandlungen, Andachten und kleinere Gottesdienste im Hohen Chor bespielt, sowie auch konzertant eingesetzt. Eine Neuanfertigung des Gehäuses in besserer tischlerischen Ausführung ist angedacht, sowie der Ersatz der gefährdeten Prospektpfeifen durch welche in stabilerer Zinnlegierung. Die Qualitäten dieser Orgel bleiben unbestritten; bei einer Reinigung 2010, fällig, nachdem archaeologische Grabungen im Dom die Orgel arg verschmutzt hatten, konnte die Versuche von 1994, die Orgel erheblich mehr Kraft zu geben, rückgängig gemacht werden. Sie wurde dann auch in einer ungleichschwebenden Temperatur (modifizierter Bach-Lehmann, welche gelegt wurden konnte ohne Abschneiden oder Anlängen von Pfeifen) neu gestimmt. Ein Ersatz der wenig grundtönigen Zungenstimmen (Giesecke) durch welche im Schnitgerschen Stil würde die Eignung des Instruments für die Musik des Norddeutschen Barocks erhöhen, gleichzeitig aber sie weiter von ihrer ursprünglichen Charakter entfernen.

Als Barry Jordan 1994 Domorganist wurde und die Orgelmusik liturgisch so wie konzertant am Dom wieder etwas mehr ins Mittelfeld rückte, wurde es deutlich, daß eine neue Orgel auf der Westempore nicht nur wünschenswert, sondern notwendig war. Schließlich war und ist der Dom nicht nur die Pfarrkirche einer kleinen aber lebendigen Gemeinde, sondern auch ein Touristenmagnet und ein wichtiges Kulturzentrum. Es wurde bald klar, daß die kleine und arme Kirchengemeinde bei den finanziellen Dimensionen des Neubau-Projektes völlig überfordert sein  würde.

Aus diesen Gründen gründeten einige Verbündete zum Zweck der Förderung des Neubaus unter dem Namen "Aktion neue Domorgeln Magdeburg" einen eingetragenen Verein. Nach Überwindung einiger bürokratischen Hürden gelang es schließlich 1998, die Steuerbegünstigung zu erlangen und die Arbeit richtig aufzunehmen. Am Ende wurde dieser Verein nicht nur Unterstützer sondern auch Auftraggeber bei dem Bau von zwei neuen Orgeln.

Der Plan sah eine große sinfonische Orgel für den Dom vor. Das Instrument sollte dennoch nicht ausschliesslich dem französischen Stil verpflichtet sein, sondern für Einflüsse aus anderen romantischen Orgelbautraditionen offen sein.

Dank großzügiger Unterstützung aus der öffentlichen Hand, vor allem die Übernahme der Hälfte der vorgesehenen Gesamtsumme von damals 3,8 Millionen DM durch das Europäischen Union im Rahmen einer Maßnahme des Europäischen Fonds für regionalen Entwicklung, einer sehr großzügige Zuwendung von Lotto-Toto und einer von der Stadt Magdeburg sowie dem großen Einsatz der Volksbank Magdeburg, konnte 2002 eine Ausschreibung des Projektes durchgeführt und einen Auftrag vergeben werden. 2003 wurde Vertrag mit der Firma Alexander Schuke Orgelbau Potsdam (jetzt Werder an der Havel) unterschrieben.

Die Orgel verfügt über 92 Register auf Manuale und Pedal; die Disposition finden Sie hier. Ihre einfache aber majestätische Erscheinung hat, wie ihr breiter und warme Klange auch, seit ihrer Einweihung am 18. Mai 2008, viel Zustimmung gefunden; kaum ein Tourist, der die Orgel nicht fotographiert. Auch Gastorganisten haben die Qualitäten des Instrumentes gelobt. Neben Barry Jordan haben auch etliche andere Organisten die Orgel für Einspielungen ausgesucht.